北海道苫小牧是《只有我不存在的城市》中悟成长的城镇的现实原型。白雪覆盖的街道、上学路线和住宅区忠实地反映了贯穿全剧的宁静北日本小镇氛围。

北海道千岁的支笏湖是一座令人惊叹的火山口湖，为《只有我不存在的城市》提供了戏剧性的自然背景。被火山环绕的清澈湖水营造出与动漫北海道背景相同的孤立之美与暗藏危险之感。

悟が通っていた市立美琴小学校のモデル。校庭の遊具などは再現度高く描かれている。学校のためマナーに注意が必要。

逃走中の悟が過去の事件を調べるために訪れた図書館のモデル。外観や周辺の街並みが再現度高く描かれている。

悟が逃走中に愛梨と待ち合わせしていた場所のモデル。物語中盤で悟が捕まるシーンや、ラストで愛梨と再会する重要なスポット。

中西彩が通っていた「はまなす学習塾」のあるアーケード街のモデル。悟が中西彩を尾行し母親と出会ったスポット。セイコーマート苫小牧大町店近く。