ユネスコ世界遺産に登録されている古社で、アニメ内では祭礼シーンや伝統行事の場面に登場します。朱塗りの建造物と神聖な杜が織りなす幽玄な雰囲気は、作品全体に流れる伝統文化の要素を象徴する舞台となっています。

京都大学の象徴的な時計台は、『四畳半神話大系』の中心的なランドマークとして機能し、主人公が学ぶ大学のキャンパスを表現しています。この建物はシリーズ全体を通じて何度も登場し、大学生活と主人公が異なる時間軸で経験する様々な並行世界の象徴として描かれています。

高野川と鴨川が合流する三角形の地帯は、キャラクターたちが自分の選択について思い悩む瞑想的なシーンで登場します。学生たちに人気の集合スポットであり、静寂に包まれた河畔の風情を提供しています。

皇居を囲む広大な公園は、複数の話数で登場人物の出会いや孤独な散歩の場所として描かれています。開放的な緑地空間は、四畳半という狭い部屋との対比を生み出し、主人公の窮屈な大学生活における自由と可能性を象徴しています。

レストランやバーが立ち並ぶ狭い伝統的な路地で、京都の夜の文化を描くシーンに登場します。提灯の灯りが灯る雰囲気のある街並みは、主人公が大学生活の冒険の中で時折足を踏み入れる大人の世界を象徴しています。